Ich verwende sowohl OpenPGP als auch S/MIME zur Verschlüsselung von Mails in Apple Mail. Standardmässig ist dann immer als Format OpenPGP ausgwählt, es ist aber einfach  möglich durch klick auf den Button im Mail Fenster vom einen aufs andere Format zu wechseln, aber auf Dauer umständlich. Wenn man nun S/MIME als Standard verwenden will und nur selten OpenPGP verwendet, dann lässt sich das einfach im Terminal umstellen:

S/MIME als Standard Verschlüsselung

defaults write org.gpgtools.gpgmail DefaultSecurityMethod -int 2

OpenPGP als Standard Verschlüsselung

defaults write org.gpgtools.gpgmail DefaultSecurityMethod -int 1

Gefunden auf: https://gpgtools.tenderapp.com/kb/gpgmail-faq/gpgmail-2-hidden-settings#define-the-default-security-method-to-be-used